El departamento de Anatomía Patológica cuenta con orden piramidal en mandos, donde a la punta se encuentra el jefe del servicio encargado de dirigir, planear, organizar, integrar y controlar todas las actividades propias del departamento de anatomía patológica, con el fin de prestar un servicio de calidad a los solicitantes.

Posteriormente se encuentra el médico especialista, Anatomopatólogo, el cual tiene el objetivo de obtener un diagnóstico histológico mediante el estudio, análisis y diagnóstico macroscópico y microscópico de los diferentes tejidos remitidos.

En la base de esta pirámide se encuentra el histotecnólogo cuya función es obtener un diagnostico citológico, mediante el estudio microscópico de muestras líquidas, semilíquidas o por exfoliación obtenidas en cavidades u órganos. El histotecnólogo debe de proporcionar un medio adecuado para el estudio microscópico de tejidos, mediante el procesamiento, corte y tinción de estos. El siguiente es el técnico en autopsia, el cual auxilia al médico Anatomopatólogo para el adecuado estudio y disección de órganos del cadáver en una autopsia. Por último, y no por eso menos importante, la secretaria cuyo objetivo es la finalización y la trascripción de los resultados histológicos, con distribución y archivo de estos.